为便于生产经营需要，企业通常设置不同的内部管理机构来加强管理。企业设置内部管理机构一般需经过一定的程序，如《公司法》规定，经理有拟订公司内部管理机构设置方案的职权，董事会有权决定公司内部管理机构的设置等。为了便于核算和考核，企业的会计核算往往以部门来确认、计量和反映各项费用，如营销部门的费用计入营销费用、管理机构的费用计入管理费用、生产车间的费用通过生产成本而归集到产成品等。但税法对成本费用在企业所得税税前扣除有明确规定，为此企业在设置内部管理机构时，在便于管理的同时应顾及税收方面的考虑，尽量获取税收利益。现简要举例分析如下：
　　2008年初境内新成立的甲公司，从事丙产品生产经营，系增值税一般纳税人，企业预计当年盈利且未享受企业所得税优惠政策，适用的企业所得税税率为25％。企业生产的产品生产周期较长，且产成品需存放一定时间才能销售，企业的生产加工工艺较长，要分几个环节，从原材料投入到产成品入库都要进行事先的中转，即事先将原材料按生产计划组织投料，从仓库中转过磅运入车间，经过测算，甲公司每年用于中转环节的费用为4000万元（包含人员工资薪酬、搬运力资费、折旧费、产成品的仓储费等）。甲公司经理在考虑内部管理机构设置时对中转环节拟订两种方案，一种方案为单独设置中转科，因企业设置了三个不同的原材料采购部门分别采购不同的原辅材料，不便于将中转环节直接归属某一采购部门；另一种方案是将中转环节由制造车间管理，因中转环节直接为制造车间服务。从便于管理角度分析，这两种方案都可提高工作效率，但对两种方案的会计核算不同将导致中转环节的费用在税前扣除有所不同。
　　假定甲公司产成品有一半当年即可销售，有一半需存放2年后才能销售，在不考虑中转环节的费用时，预计2008年、2009年实现利润10000万元，2010年实现利润14000万元，无其他纳税调整因素。
　　方案一、单独设置中转科。因中转环节的费用主要是为管理需要，支出的效益仅及于本会计期间，系不能归属于使存货达到目前场所和状态的其他支出，不符合存货的定义和确认条件，故应在发生时计入当期损益，可直接以管理费用名义在当年企业所得税税前扣除，则2008年、2009年每年应纳税所得额为10000－4000＝6000万元，每年应交企业所得税6000×25％＝1500万元；2010年应纳税所得额为14000－4000＝10000万元，当年应交企业所得税10000×25％＝2500万元。
　　方案二、并入制造车间。将中转环节由制造车间管理，则企业将中转环节的费用计入制造费用科目，通过一定形式的分配计入产品生产成本，最终计入产成品成本，之后随着产成品的销售而在税前扣除，则2008年销售的一半产成品分摊的中转环节费用为4000×50％＝2000万元，当年应纳税所得额为10000－2000＝8000万元，当年应交企业所得税8000×25％＝2000万元；因另一半产成品需存放2年后才能销售，则2009年应交企业所得税也为2000万元；2年后即2010年该部分中转环节的费用随着产品的销售而在企业所得税前扣除，则当年应纳税所得额为14000－（2000＋2000）＝10000万元，应交企业所得税10000×25％＝2500万元。
　　比较：《方案一》2008年、2009年应交企业所得税1500万元比《方案二》的2000万元少500万元，主要是因中转环节的费用提前扣除而获得企业所得税延迟缴纳的时间价值，按年贷款利息8％计算（不考虑复利因素），2年可节约利息费用2×500×8％＝80万元。可见，《方案一》比《方案二》对企业有利，即，单独设置中转科为好。
　　上述方案比较是基于企业处于未享受企业所得税减免优惠及预计企业所得税率不变的前提下的结果。如果企业处于享受企业所得税减免优惠期，则情况可能相反；如上述甲公司享受前两年企业所得税免税优惠期，第三年优惠期结束，企业选择《方案二》，将中转环节的费用延迟至免税优惠期满扣除，虽然较《方案一》在优惠期满后多支付利息费用，但可少交企业所得税4000×25％＝1000万元，相比之下《方案二》较《方案一》还是多获利。如果企业所得税率预计会发生变化则也要具体情况具体分析。
　　另外，企业在进行筹划时，一定要合理合法，避免涉税风险。
　　1、要合理划分设置的内部管理机构职能。根据企业所得税实施条例第二十八条的规定，企业发生的支出应当区分收益性支出和资本性支出。收益性支出在发生当期直接扣除；资本性支出应当分期扣除或者计入有关资产成本，不得在发生当期直接扣除。因此应合理划分机构职能，严格按照有关法律法规的要求，正确区分收益性支出和资本性支出，对支出效益及于几个会计期间的，应当作为资本性支出核算。
　　2、正确进行存货会计核算。企业应严格按照会计制度的有关规定正确地进行会计核算，对在进一步加工存货过程中发生的生产成本应通过合理的方式计入存货成本中，不得将应计入存货成本的费用混入当期期间费用中。